Pel seu enclavament es pot dir que hi ha hagut o al menys passat gent des de que l’home va tenir necessitat de desplaçar-se d’un lloc a un altre. Ha estat sempre un pas natural d’entrada/sortida de la península Ibérica oriental. Abans la “Via Domínica” i després la “Via Augusta” en són exemples.
A l’any 1659 amb “La Pau dels Pirineus” queda delimitada la frontera amb França, d’aquesta manera La Jonquera passarà en convertir-se en una població fronterera.
La Jonquera a part de l'activitat fronterera, també ha estat un municipi que ha treballat sobretot el bosc pel que fa al suro i la vinya, tot i que aquesta última activitat a minvat davant la forta activitat de trànsit i comerç fronterer dels últims anys.
