La província de Girona està dividida bàsicament en vuit comarques: Alt Empordà, Baix Empordà, Cerdanya, Garrotxa, Gironès, Pla de l’Estany, Ripollès i Selva. Es fa palès, al menys en dos comarques, una certa arbitrarietat pel que fa a la distribució del territori, ja sigui des del punt de vista geogràfic, històric i administratiu.
D’una banda, hi ha la Cerdanya; una comarca partida en tres parts. Una part, en territori de l’Estat espanyol i l’altre en el francès, i d’altra banda, una part de la comarca dins la província de Lleida i l’altra a la de Girona. Una altra raresa de distribució territorial o administrativa, és la comar que Osona, que pertany bàsicament a la província de Barcelona, però en canvi, hi ha tres poblacions que administrativament depenen de la Diputació de Girona, i que són, Vidrà, Espinelves i Viladrau.
Els museus comarcals, presenten una exposició bàsicament emmarcada en el coneixement dels diferents aspectes i costums diferencials que presenta el seu territori, amb temàtiques molt diverses. Hi ha un altre apartat dedicat a museus més restringits geogràficament, que presenten una exposició més de tipus local, i qualificats com a museus municipals.